应当说，相对于第一次征求意见稿对违法建筑不予补偿并依法拆除的强制性规定，二次征求意见稿规定先进行“甄别”再决定是否补偿，算是一个不小的进步。
但是，从实践来看，二次征求意见稿规定由有关部门在征收决定前依照法律、法规对征收范围内未经依法登记的建筑予以认定、处理，如果将来付诸实施，还会存在一定的值得注意的问题。
一方面，违法建筑的处理标准确定为“法律、法规”，而按照2008年施行的《城乡规划法》规定，一般认为，违法建筑是指“未取得建设工程规划许可证或者未按照建设工程规划许可证的规定进行建设的”建筑，其中可以采取措施消除对规划实施影响的，可以通过罚款或改正等手段“转正”。即使是1990年实施的《城市规划法》乃至1984年实施的国务院《城市规划条例》，也都有类似的规定。这就意味着，“法律、法规”对违法建筑的“转正”设定了严格的条件，加之违法建筑对城市规划的影响是否可以消除完全由政府部门裁量，违法建筑“转正”的难度不难想象。实践中，有些可以较好把握违法建筑认定的规范，但法律层级较低，比如，原城乡建设和环境保护部1988年颁布的《关于房屋所有权登记工作中对违章建筑处理的原则意见》，由于只属于一般规范性文件，不属于“法律、法规”而爱莫能助。
另一方面，违法建筑历史往往远远早于法律规范的历史。尤其在城市规划无法可依，且后来的法律又不可能溯及既往的情况下，当然不可能对相对人建设房屋提出依照“法律、法规”的要求。因此，二次征求意见稿对于违法建筑的处理，仅以“法律、法规”为依据是不合理的，完全可以以1984年国务院《城市规划条例》和1990年《城市规划法》的实施为时间节点，尊重历史和现实，规定：对于《城市规划条例》实施前“无法可依”时期建设的房屋，可以一律转正和可获补偿；对于《城市规划条例》实施后《城市规划法》实施前城市规划监管日益完善时期，采取相对宽松的政策，可处罚之后将其“转正”；而对于《城市规划法》实施之后的违法建筑，则从严掌握“转正”的条件。
更应看到，现实中，许多违法建筑已成为被征收人赖以生存的保障，甚至已成为一部分城市低收入家庭维持基本生活居住的依靠，如果一律不予补偿，无疑是对他们基本居住权利的侵害。对此，现实征收拆迁实践中为违法建筑补偿确定一定条件的做法，值得借鉴。比如，对于已存在一定年限又不符合“转正”条件的违法建筑，其居住者在无正式住房，甚至在违法建筑内有常住户口等情况的，即使不予完全足额补偿，也应当根据实际情况给予适当补偿。
