安信证券发布的研究报告认为，1.3万亿元的保障性住房投资主要由地方投入，而土地收入一直是地方政府用于基建甚至补贴公共支出的重要资金来源。如此大的投资可能意味着地方融资平台重新大量向银行借款。停止或中断其他大量政府投资项目，而这两种可能性事实上都较小。
2010年全国房地产开发投资48267亿元，比上年增长33.2%，增速创近五年来新高。国家发改委宏观院投资研究所副所长程选认为，今年房地产开发投资同比增速预计将达到20%左右。尽管增速回落，但这并不意味着保障房目标完成难度加大，保障房并不完全包括在房地产投资统计领域。但今年的保障房资金供应能否落实，目前仍有些疑虑。
除了资金压力外，土地供应能否顺利完成同样是重要因素。分析人士表示，去年全国房屋新开工面积16.38亿平方米，以此规模计算，今年可能有接近三分之一的新开工土地用于保障性住房。尽管同样存在难度，但并不是难以克服。
呼唤长效机制
“1000万套的建设目标并不是不能完成，但不应将它看做不计代价的任务。”社科院城市发展与环境研究中心主任牛凤瑞认为，从长期来看，保障性住房不可能持续保持年增1000万套的规模，而应将它看做社会保障体系的重要组成部分。保障房建设是应脱离商品房价高低影响之外的，同时应对保障房的惠及人群进行严格定义，将分配公平放在第一位。
对于保障房建设以及分配的长效机制，消息人士表示，《住房保障条例》现已进入立法程序，并很可能将于“十二五”期间推出实施。
安信证券报告认为，保障房尤其是廉租房完工后的长期维护支出来源，目前并没有明确方案。从香港等地的经验来看，在考虑维护、折旧以及相关人员薪资等经常支出后，持有廉租房的利润率为-14%左右，必须依靠物业出售以及商业租赁融资，而国内显然还没有类似长效机制。
住建部研究中心副主任秦虹认为，保障性住房资金来源的构成主要包括土地收入出让金、地方公积金增值收益、中央财政补贴以及地方财政的机动财力。所谓地方财政的机动财力，即地方政府拿财税收入的一部分做保障房建设资金。基于长远规划发展的考虑，政府需要进一步拓宽保障房资金来源，目前新模式探索方向主要锁定在企业和社会资本参与方面。
